Ein geheimnisvoller strudel saugte die Rabbids in das reich der pilze von Super Mario, ihn im chaos. Mario, Luigi, Prinzessin Peach und Yoshi müssen dann wieder die reihenfolge, zusammen mit den vier helden der Rabbids: Entwickeln Mario, Entwickeln Luigi, Entwickeln Peach und Entwickeln Yoshi. Um das zu erreichen, müssen die spieler bilden ein team von drei charakteren und verwenden sie hunderte von waffen zu beseitigen, die Rabbids gegner. In Mario + Rabbids: Kingdom Battle können wir tun, bis zu drei aktionen pro runde, und wir können sie verwenden in der reihenfolge, die wir wollen. Dies bedeutet, dass anders als in anderen titeln des genres, werden wir zuerst schießen und dann bewegen, zum beispiel, auch wenn das spiel ermöglicht, weitere interessante aktionen, wie das auslösen und das sprung-team.
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